Javier decidió entregarse luego de que saliera una orden de captura en su contra dictada por el juez de ejecución penal Carlos Mendoza. El abogado del ex gobernador, Bernardo Villalba, fue el encargado de dar la noticia de que este no fue capturado sino que se entregó directamente, afirmando que la orden de captura fue más que nada mediática.
El juez Mendoza también ordenó la captura del exdirector de gabinete de la Gobernación Miguel Ángel Robles, quien también fue condenado a 10 años de prisión por los mismos delitos que Hugo Javier. El caso guarda relación con el desvío de fondos de 5.105 millones de guaraníes previstos para la reactivación económica durante la pandemia del COVID-19.
Javier y Robles fueron declarados culpables de este hecho en el fallo del 4 de enero del 2025, dictado por el Tribunal de Sentencia integrado por los jueces de primera instancia Karina Cáceres, Ana Rodríguez y Yolanda Morel.